2007年5月22日，國務院三峽工程建設委員會辦公室在武漢主持召開了“三峽工程生態與環境監測系統——魚類和珍稀水生動物監測重點站”(2004-2006年)合同驗收會。驗收組成員由國務院三峽辦、三峽總公司、中國環境監測總站、中科院遙感所、長江流域水資源保護局等單位的代表和特邀專家組成。驗收組聽取了承擔單位中科院水生所作的工作報告和技術報告，實地查看了承擔單位的檔案、資料，一致同意該項目通過驗收。驗收組認為，承擔單位對長江上游特有魚類、長江魚類早期資源、主要珍稀魚類資源進行了系統的監測和調查，完成并提交了2004-2006年魚類和珍稀水生動物監測年度工作報告、技術報告，監測數據翔實、可靠，監測報告編制規范、分析合理，檔案管理規范，驗收資料齊全，較好地完成了合同規定的任務。驗收組同時認為，該重點站的監測成果為評價三峽工程對魚類和珍稀水生動物的影響，針對性地采取保護措施提供了科學依據;該重點站還開展了受工程影響的特有魚類生物學研究和人工繁殖技術研究，為減免工程的不利影響，保護和利用特有魚類提供了科學依據。

　　為了對三峽工程給生態環境帶來的變化進行監測，國務院三峽工程建設委員會辦公室于1996年組建了一個跨地區、跨部門、多學科、多層次的監測網絡——“長江三峽工程生態與環境監測系統”，并于1997年開始對重要的生態環境因子進行了定期與不定期的監測、觀測和調查。其中，水生所承擔的工作有“水生生物流動監測重點站”和“特有魚類實驗站”。2003年，三峽水庫蓄水。為了適應新的需求，從2004年起，將原來的“水生生物流動監測重點站”和“特有魚類實驗站”整合為一個監測重點站——“魚類和珍稀水生動物監測重點站”。10年來，水生所對長江流域魚類和珍稀水生動物的資源變化進行了全面的調查和監測，得到了許多重要的結果。

　　監測結果顯示，三峽蓄水后，庫區的萬州江段和葛洲壩下的宜昌江段，魚類優勢種發生了巨大變化。其中在萬州江段，適應流水生活的種類，如銅魚、圓口銅魚等優勢度降低，適應緩流的物種成為優勢種;在葛洲壩江段，原來的優勢種主要為草魚、鰱、瓦氏黃顙魚、圓口銅魚等，但蓄水后它們的優勢度大幅下降，與此對應的是，銅魚、鳊、圓筒吻鮈的優勢度大幅增加，其中銅魚成為該江段的絕對優勢種。

　　葛洲壩下，中華鱘的野生繁殖群體數量在波動中呈下降趨勢。目前長江口的中華鱘幼魚資源，90%左右來源于葛洲壩壩下的自然繁殖后代，約10%來源于人工繁殖放流。2006年，宜昌至宜都江段的2個四大家魚產卵場的產卵規模急劇下降。

　　隨著三峽水庫的全面完工，對水生生物的影響將日益凸現出來。為了減免水庫的不利影響，“魚類和珍稀水生動物監測重點站”建議，應當進一步加強受影響的特有魚類的生物學和人工繁殖技術研究，采取有針對性的保護措施。

　　中科院水生生物研究所